L'assimilation de données est le terme utilisé pour décrire la procédure qui fournit l'état atmosphérique initial, également connu sous le nom d'analyse, pour le démarrage d'une prévision numérique. À cette fin, les prévisions antérieures du modèle et les observations disponibles en temps réel de température, pression, humidité, vent et précipitations, qui sont inégalement réparties dans le domaine de prévision, sont combinées pour obtenir la meilleure estimation possible de l'état atmosphérique actuel sur la grille du modèle.
Dans le cas des systèmes d'ensemble tels que ICON-CH1-EPS et ICON-CH2-EPS, un ensemble de conditions initiales légèrement différentes est nécessaire. Cet ensemble est calculé à MétéoSuisse à l'aide du système d'assimilation de données d'ensemble KENDA (Kilometer Scale Ensemble Data Assimilation). Dans un cycle d'assimilation de la prévision d'ensemble à haute résolution à l'échelle convective, l'ensemble des conditions initiales est mis à jour toutes les heures sur la grille ICON-CH1-EPS avec un maillage de 1,0 km et 80 couches avec des données mesurées. La méthode utilisée est le Local Ensemble Transform Kalman Filter (LETKF), qui pondère les observations et les valeurs simulées avec les incertitudes, afin de produire la meilleure estimation possible de l'état actuel de l'atmosphère. En outre, le LETKF fournit un ensemble de conditions initiales légèrement différentes qui représentent l'incertitude sur l'estimation de l'état initial. La prévision ICON-CH1-EPS est démarrée avec cet ensemble de conditions initiales toutes les trois heures (00, 03, ... 21 UTC). L’ensemble de conditions initiales de ICON-CH1-EPS est interpolé (« upscaling ») toutes les six heures (00, 06, 12 et 18 UTC) sur la grille ICON-CH2-EPS afin de créer les conditions initiales pour ICON-CH2-EPS.