Phase 2 : Niveaux records sur les lacs après de nouvelles précipitations
Alors que la situation des inondations s'est détendue dans les premières régions touchées du Plateau avec la fin des pluies le 13 mai, la limite des masses d'air s'est déplacée vers le versant nord des Alpes. Certes, les précipitations n'y ont pas été aussi extrêmes que sur le Plateau. Mais les pluies ont duré du 11 au 14 mai et ont été par moments très intenses. La moitié du versant nord des Alpes a reçu plus de 100 l/m2 de pluie du 11 au 14 mai. Les vallées de la Simme et de la Kander ont été fortement touchées.
Ruisseaux et rivières ont augmenté alors de manière dramatique, et par conséquent le niveau des lacs s’est élevé.
Dans la nuit du 15 mai, la Linth a frôlé le seuil critique. La Reuss a atteint des niveaux de crue critiques. Le lac des Quatre-Cantons est donc entré en crue et le 15 mai, il n'était plus qu'à quelques centimètres de la marque critique et menaçait le centre de congrès de Lucerne.
Les Bernois ont eu moins de chance. La Simme et la Kander ont connu des crues extrêmes. De nombreuses liaisons de transport dans le Simmental et le Diemtigtal ont été interrompues. Le 14 mai, le lac de Thoune a débordé, dépassant le 15 mai de 35 cm le précédent record de 1910.
Le record était donc d'environ 70 cm au-dessus de la "limite des dommages". Sur 4 km, l'eau a pénétré jusqu'à 400 m à l'intérieur des terres et a inondé des maisons.
La vallée de l'Aar a également été fortement touchée par les inondations. Le terrain de l'aéroport de Belpmoos était sous l'eau. L'autoroute A6 n'était parfois plus praticable que sur une seule voie. A Berne, le niveau de l'Aar a atteint un nouveau record depuis le début des mesures en 1917 et a débordé des deux côtés dès le 13. Le 14 mai, l'Aar a atteint un nouveau niveau record et a inondé tout le quartier de la Matte. Les habitants ont dû être évacués. Dans tout le canton de Berne, plus de 500 maisons ont été inondées.
Des dégâts à petite échelle ont également eu lieu dans les cantons de Schwyz, Zoug et Lucerne suite à des débordements de ruisseaux et des glissements de terrain.
Le 14 mai, un glissement de terrain a interrompu la ligne CFF Berne-Lucerne à travers l'Entlebuch. La ligne du Brünig et la ligne Zoug-Arth-Goldau étaient également impraticables.
Heureusement, à partir du 14 mai, le temps s'est calmé et la situation des crues s'est peu à peu détendue. Seul le lac de Constance, dont la montée des eaux est plus lente en raison de sa taille, a annoncé une tendance à la hausse et s'est rapproché du seuil critique de crue.
Les précipitations extrêmes ont été la cause principale de ces crues. Comme il s'agissait de masses d'air chaud et humide, il a plu jusqu'à des altitudes élevées. Les précipitations se sont ainsi immédiatement écoulées. Lors des pluies printanières comparables du 6 au 9 mai 1985 et du 20 au 23 juin 1973, il avait en revanche neigé au-dessus de 1500 m environ, et une partie des précipitations était restée en altitude sous forme de neige.
Le fait que les sols aient été détrempés avant l'arrivée des fortes pluies, après un mois d'avril très pluvieux et en raison de la fonte de la neige due aux températures élevées, a également joué un rôle défavorable. Selon le Service hydrologique national, la fonte directe de la neige pendant les fortes précipitations a en revanche joué un rôle nettement moins important. Le fait que la contribution de la fonte directe de la neige aux volumes d'écoulement n'ait pas été particulièrement importante s'est clairement manifesté dans les régions où les précipitations ont été moins importantes (vallée supérieure du Rhin, vallée du Rhône, Haslital). Dans ces régions, aucune situation de crue critique n'a été signalée à ce moment.